El Museo ocupa las dependencias del antiguo Convento “Regina Coeli” de Dominicos, fundado a finales del siglo XVI, a petición de D. Alonso de Velarde y bajo licencia de D. Hipólito de la Vela, arzobispo de Burgos.
Presenta una excepcional colección de imágenes y objetos religiosos que abarcan desde la evangelización de Cantabria en el siglo VI hasta nuestros días. Alrededor de 600 obras se exponen en salas dedicadas a la arqueología, a las instituciones y órdenes religiosas, al Camino de Santiago por Cantabria y a la evolución del arte religioso a través de distintos estilos artísticos, haciendo especial referencia al periodo gótico, a la iconografía popular, a la imaginería barroca, con obras de Gregorio Fernández y Martínez Montañés, a la platería y al arte colonial, en el que destaca la impresionante colección de plata mejicana y peruana y los marfiles hispano-filipinos. También existe un ámbito dedicado a la música.