Fueron padres de Juan Sebastián, Juan Ambrosio Bach y Elizabeth Lämberhirt; se educó en un medio familiar musical extraodinario, donde todo concurría a estimular sus poderosas facultades.
Quedó huérfano de madre a los nueve años, y un año más tarde moría su padre, por lo que hubo de ir a vivir con su hermano mayor, Juan Cristóbal, que desempeñaba el cargo de organista en Ohrdruf, y con quien continuó sus estudios.
A los quince años entró en la escuela de S. Miguel, en Lüneburgo, y a los dieciocho años ocupó un puesto como violinista en la orquesta del conde Juan Ernesto de Weimar, donde permaneció algunos meses.
En 1703 pasó como maestro de capilla a Arnstadt, donde tuvo tiempo suficiente para dedicarse al órgano y a la composición. En 1707, se transladó a Mulhausen, como organista de la iglesia de S. Blas. El 17 de octubre del mismo año contrajo matrimonio con su prima María Bárbara Bach. En 1708 vuelve a Weimar como organista y músico de cámara del duque reinante. Su estancia se prolonga hasta 1717.
En 1717 fue a Cöthen, donde entró al servicio del príncipe Anhalt, quien le confió la dirección de su orquesta. Se inauguró para Juan Sebastián una de las etapas más felices de su vida, gozando de grandes consideraciones y estimación.
En 1720, mientras acompañaba al príncipe en Carlsbad, murió su esposa, que fue enterrada el 7 de julio. Bach recibió con dolorosa entereza la noticia de la muerte de su mujer. Al año siguiente contrajo nuevas nupcias con Ana Magdalena Wülken, efectuándose la ceremonia en el hogar del maestro el 3 de diciembre de 1721.
En 1723, Bach parte para Leipzig a tomar posesión del puesto que ocuparía hasta su muerte: "Cantor de la iglesia de Santo Tomás y director de la música de la Universidad". Cumpliendo rigurosamente con los deberes que tenía encomendados, encontró la manera de hacer algunos viajes, entre ellos el que emprendió a la corte de Federico el Grande, llegando a Postdam el 7 de mayo de 1747, acompañado de su hijo Emmanuel.
Se cuenta que cuando el monarca fue enterado de que había llegado, volviéndose a los músicos de su orquesta, dijo con cierto tono de impaciencia: "Señores: el viejo Bach acaba de llegar". Y dio las órdenes para que el gran maestro se presentara inmediatamente en palacio. Al llegar dijo: "señores: ponéos de pie, que el gran Bach está entre nosotros".
En los últimos años de su vida, Bach padeció una enfermedad de los ojos que empeoró hasta dejarlo completamente ciego. Su muerte ocurrió el martes 29 de julio de 1750, alas ocho y cuarto de la noche.
Son muchos los que hoy reconocen que no hay arte superior al suyo, proclamado por su elevación, por su fecundidad, por su perfección absoluta, por su inmensidad aérea; se le proclama como el mayor de los artistas de todos los tiempos.